神祖讳晅，字景耀，太祖武皇帝孙，孝愍太子子也。母穆皇后张氏。帝生而神异，姿貌端华，眉目如画，见者以为天人。帝时年五岁，册为太孙，执圭见臣僚，进止不失尺寸。高祖奇之，常置膝前，曰：“此吾家千里驹也。”

永和十二年，孝愍太子遭谗见废，帝年十二，亡于北燕。燕主慕容凤闻其貌美，欲纳为嬖臣。帝不屈，凤怒，系以铁索。然帝容止自若，凤叹曰："南人风骨，竟至于此！"遂稍礼之。帝虽在羁縻，阴结豪杰，陆清晏、顾子衿等皆潜附焉。

初，燕主慕容凤掠帝入宫，逼幸之。帝以计含容之，遂得出镇平阳。在郡励精图治，劝课农桑，阴养死士，潜图克复。时晋主云亮昏暴，猜忌功臣，下顾子衿于廷尉。帝闻之，密与子衿谋，伪作内讧，诱燕南寇。慕容凤果中计，举兵南下，大败于郢州。帝佯迎凤入营，手刃之，持其首入燕京，万民箪食相迎。复与陆清晏合兵，一夕而定燕都。

既平北土，帝乃昭告天下，自陈身世，誓师南伐。晋主亮面缚舆榇而降。帝弃大军星夜入建康，首赴廷尉，亲释子衿，抱其身泣曰：“君受南冠之辱，赞朕大事，君之功名，当书之竹帛。”遂正大位，改元至公。是日，有白虹贯日，太史奏曰："此圣主出之兆也。"帝时年十七，临轩受玺，容止可观，百僚莫不倾心。

帝践祚之初，夙夜忧勤。时江东豪族僭侈，奴役黔首，帝与清晏谋，欲革积弊。然世家盘踞，根深蒂固，大将军顾子佩遂举兵反。帝曰："朕闻'芳兰当门，不得不锄'，然百姓何辜？"遂密令纵叛军入建康，待其肆虐而后讨之。都中死者数万，流血漂杵。事平，帝素服哭于市，民皆感泣。帝遂颁善政十二，得黎庶心。

初，帝在燕庭，尝私谓近臣曰："天下者，非一人之天下，乃天下人之天下。君为客，民为主，此三代之正道也。"及镇平阳，轻徭薄赋，与民休息，百姓感戴。然时晋室昏乱，豪强兼并，帝叹曰："欲行王道，必先破霸道。"遂用非常之谋。

至公八年，丞相萧桓擅权，诬太子。子衿素与萧桓善，帝隐忍不发，子衿伪作太子手谕事泄，上阳王琛挺身代罪，帝杖之丹墀。四月，帝将讨萧桓，先诱子衿入宫，欲羁縻之。子衿知帝意，不往。

萧桓既诛，帝以子衿忤旨、附逆等二十罪，赐死。死之日，帝与子衿诀，呕血数升。

五月，上阳王琛薨。帝不行大敛，盛以小棺，葬之于南郊。时人莫敢谏者。